Святого Андрея Первозванного считают одним из небесных покровителей России, и царь Петр I считал его также своим божественным покровителем. 30 ноября 1699 года Петр официально включил Андреевский флаг в число символов Российского флота. В 1720 году флаг приобрел современный вид, закрепленный в первом в России Корабельном уставе: «Флаг белый, поперек этого имеется синий Андреевский крест, коим Россию окрестил он».
С этого момента и вплоть до 1917 года Андреевский флаг был главным и единственным флагом российского флота. За это время на флоте сложилась особая традиция почитания флага. Словами «С нами Бог и Андреевский флаг» командиры кораблей напутствовали свои экипажи перед боем. Кроме того, петровский Корабельный устав предписывал защищать флаг до последнего — за всю историю российского флота добровольно его спустили лишь дважды.
После революции 1917 года Андреевский флаг перестал быть военно-морским флагом России. Для ВМФ СССР была разработана другая символика. В 1924 году последние флаги на русских кораблях Белого флота были спущены в портах Северной Африки. В 1992 году правительство Российской Федерации постановило возвратить Военно-морскому флоту России Андреевский флаг вместо флага ВМФ СССР.